La vârsta de șase ani Ueshiba a fost trimis sa studieze la templul Jizoderu, dar a avut puțin interes în învățarea educației confucianiste. Directorul școlii însă, ce era și preot al budismului Shingon, l-a învățat pe tânărul Ueshiba câteva din versetele ezoterice și canoanele sectei, pe care acesta le-a găsit interesante. A mers la școala elementară superioară Tanageși apoi la școala medie prefecturală Tanabe dar a părăsit educația formală în primii ani ai adolescenței sale, înscriindu-se în schimb la o academie de abac privată, Institutul Yoshida, pentru a studia contabilitea.
La absolvirea acestei academii, a lucrat la un birou local de taxe pentru câteva luni, dar slujba nu i s-a potrivit și în 1901 a plecat către Tokyo, finanțat de tatăl său. Ueshiba Trading, compania de papetărie pe care a deschis-o acolo a avut o viață scurtă; nefericit de viața în capitală s-a întors la Tanabe în mai puțin de un an după o criză de beri-beri. La puțin timp după asta s-a căsătorit cu o cunoștință din copilărie, Hatsu Itokawa.
În 1903 Ueshiba a fost chemat pentru satisfacerea serviciului militar. Nu a trecut de examinarea fizică inițială fiind mai scund decât înălțimea minimă de 1,57 m. Pentru a depăși aceasta, și-a lungit coloana vertebrală suspendându-se de crengile copacilor și punându-și greutăți mari la picioare; când a mers din nou la examinarea fizică își crescuse înalțimea cu cei 2,5 cm necesari pentru a fi admis. A fost repartizat la Divizia a patra Osaka, regimentul 37 și a devenit caporal în anul următor; după ce a servit pe front în timpul războiului ruso-japonez a fost promovat ca sergent. A fost demobilizat în 1907 și din nou s-a întors la ferma tatălui său din Tanabe. Aici s-a împrietenit cu scriitorul și filosoful Minakata Kumagatsu, implcându-se în mișcarea acestuia de opoziție față de politica de consolidare a altarelor a guvernului Meiji.
Ueshiba a studiat diferite arte marțiale în prima parte a vieții sale și a fost renumit pentru forța sa fizică din timpul tinereții sale. Pregătirea sa in Goto-ha Yagyu-ryu cu Masakatsu Nakai a fost sporadică datorită serviciului său militar, chiar dacă a primit o diplomă în această artă în câțiva ani. În 1901 a primit câteva lecții de la Tozawa Tokusaburoin în Tenjin Shin’yo-ryu ju-jutsu și a studiat judo cu Kiyoichi Takagi în Tanabe în 1911.
În 1912, Ueshiba și soția sa au părăsit Tanabe și s-au mutat în cea mai nordică insulă a Japoniei, Hokkaido. La acel moment Hokkaido era în are parte necolonizată de japonezi, fiind ocupată mai muly de populația indigenă Ainu. Ueshiba era liderul grupului de pionieri Kishu, un colectiv de 85 de oameni care intenționau să se stabilească în districtul Shirataki și să trăiască ca fermieri. Condiția slabă a solului și vreme rea au dus la eșecul culturilor în primii trei ani ai proiectului, dar grupul a reușit totuși să cultive mentă și să crească animale. Industria incipientă a cherestelei a furnizat un impuls economiei așezării, dar în 1917 un incendiu a distrus întraga așezare, ducând la plecarea a circa douăzeci de familii. Ueshiba, ales în consiliul local în acel an, a condus eforturile de reconstrucție. În vara anului 1918 Hatsu a dat naștere primului lor fiu, Takemori.
În Hokkaido, tânarul Ueshiba l-a întâlnit pe Takada Sokaku, Fondatorul Daito-ryu aiki-jujutsu, la hanul Hisada din Engaru, în martie 1915. Ueshiba a fost profund impresionat de arta marțială a lui Takeda. A cerut în mod formal să fie instruit și a început studiul stilului de jujutsu al lui Takeda în mod serios, mergând până acolo încât a costruit un dojo la el acasă și l-a invitat pe noul lui profesor să îi fie oaspete permanent. A primit un certificat kyoju-dairi sau licență de a preda, în sistemul lui Takeda, în 1922 când acesta l-a vizitat la Ayabe. A primit de asemeni un certificat de transmisie al școlii Yagyu Shinkage-ryu de la Takeda. Ueshiba a devenit apoi un reprezentant al Daito-ryu și a mers împreună cu Takeda ca și asistent-intructor și a predat sistemul altora.
În noiembrie 1919, Ueshiba a aflat că tatăl său Yoroku era bolnav și că nu se aștepta ca acesta să supraviețuiască. Lăsând cea mai mare parte a posesiunilor sale lui Takeda Sokaku, Ueshiba a părăsit Shirataki cu intenția aparentă de a-și vizita părintele bolnav. În drum insă, a făcut un ocol la Ayabe, lângă Kyoto, intenționând să îl viziteze oe Onisaburo Deguchi, liderul spiritual al religiei Omoto-kyo. Întâlnindu-l pe Deguchi, Ueshiba a rămas la sediul central al Omoto-kyo câteva zile. La întoarcerea sa către Tanabe a aflat că tatăl său murise. În câteva luni a fost din nou la Ayabe, decizaând să devină un elev permanent al Omoto-kyo. În 1920 Deguchi i-a cerit lui Ueshiba să devină instructorul de arte marțiale al grupului și un dojo, primul din cele câteva pe care Ueshiba urma să le conducă, a fost construit pe terenul centrului. Ueshiba a predat Daito-ryu-ul lui Takeda și în provincia învecinată Hyogo în această perioadă. Al doilea său fiu, Kuniharu, s-a născut în Ayabe însă a murit de boală în același an, împreună cu cel fiul de trei ani Takemori.
În 1921, într-un eveniment cunoscut ca și Primul incident Omoto-kyo (Omoto jiken) autoritățile japoneze au efectuat un raid în complex, distrugând cele mai importante clădiri și arestându-l pe Deguchi cu acuzații de lese-majete. Dojo-ul lui Ueshiba insă, nu a fost afectat și în următorii doi ani a lucrat indeaproape cu Deguchi să reconstruiască centrul grupului, devenind implicat foarte mult în agricultura. Fiul său Kisshomaru s-a născut în vara anului 1921.
Trei ani mai târziu, în 1924, Onisaburo Deguchi a condus un mic grup de discipoli Omoto-kyo, inclusiv Ueshiba, într-o călătorie în Mongolia, la invitația căpitanului de navă în rezervă Yutaro Yano și a asociaților acestuia din societatea ultranaționalistă Societatea dragonului negru. Intenția lui Deguchi era de a stabili un nou regat religios în Mongolia și în acest scop a distribuit materiale de propagandă ce sugerau că este reîncarnarea lui Ghinghis han. Aliat cu banditul mongol Lu Zhankui, grupul lui Deguchi a fost arestat în Tongliao de către autoritățile chineze – din fericire pentru Ueshiba, în timp ce Lu și oamenii săi au fost executați prin împușcare de către plutonul de execuție, grupul japonez a fost dat în custodia consulului japonez. Ei s-au întors sub pază în Japonia, unde Deguchi a fost încarcerat pentru încălcarea termenilor cauțiunii sale.
După întoarcerea la Ayabe, Ueshiba a început un regim de practică spirituală, retrăgându-se frecvent în munți pentru a practica misogi la cascada Nachi. Cum capabilitatea sa ca si practicant de arte marțiale a crescut, faima sa a început să se răspândească. A fost provocat de mulți practicanți de arte marțiale cu renume din care unii, după ce au fost învinși, au devenit elevii săi. În toamna anului 1925 I s-a cerut să facă o demonstrație a artei sale la Tokyo, la inițiativa amiralului Isamu Takeshita; unul dintre spectatori era Yamamoto Gonnohyoe care a cerut ca Ueshiba să rămână în capitală pentru a instrui garda imperială în arta sa. După circa două săptămâni insă, Ueshiba a avut probleme cu câțiva oficiali ai guvernului care au exprimat îngrijorări cu privire la legăturile sale cu Deguchi; a anulat practicile și s-a întors la Ayabe.
Preoții Omoto-kyo încă oficiază ceremonia de la altarul Aiki ce are loc în onoarea lui Ueshiba la fiecare 29 aprilie, la altarul Aiki din Iwama.
În 1926 Takeshita l-a invitat pe Ueshiba să viziteze din nou Tokyo. Ueshiba a agreeat și s-a întors în capitală, dar în timpul acestei șederi a fost afectat de o boală serioasă. Deguchi și-a vizitat studentul bolnav și exprimându-și grija pentru sănătatea acestuia, i-a recomandat să se întoarcă la Ayabe. Apelurile pentru întoarcerea lui Ueshiba s-au înmulțit după ce Ueshiba a fost chestionat de poliție ca urmare a vizitei făcute de Deguchi; autoritățile îl țineau pe liderul Omoto-kyo sub o strictă supraveghere. Enervat de tratatmentul primit, Ueshiba s-a dus din nou la Ayabe. Șase luni mai târziu, de data aceasta cu binecuvântarea lui Deguchi, el și familia sa s-au stabilit permanent la Tokyo.Sosind în octombrie 1927, și-au stabilit casa în districtul Shirokane. Clădirea însă, era prea mică pentru numărul în creștere al elevilor la Aikido și astfel Ueshiba s-a mutat în clădiri mai mari, prima oară în districtul Mita , apoi în Takanawa și în final într-o clădire special construită ăn Shinjuku. Ultimul loc, denumit inițial Kobukan 皇武館,va deveni în cele din urmă Aikikai Hombu Dojo. În timpul construirii acestuia, Ueshiba a închiriat o proprietate în apropiere, unde a fost vizitat de Jigoro Kano, Fondatorul Judo.
În 1932 fiica lui Ueshiba, Matsuko, s-a căsătorit cu spadasinul Kiyoshi Nakakura. care a fost adoptat de Ueshiba ca și moștenitor, sub numele de Ueshiba Morihiro. Căsătoria s-a terminat după câțiva ani iar Nakakura a părăsit familia în 1937.
Între 1940 și 1942 a făcut câteva vizite în Manchuko (Manchuria ocupată de japonezi) unde a fost principalul instructor de arte marțiale la Universitatea Kenkoku.
De prin 1935 Ueshiba cumpărase pământ în Iwama, în prefectura Ibaraki. În 1942, dobândind circa 6,9 ha de teren arabil acolo, a părăsit Tokyo și s-a mutat permanent la Iwama, stând într-o mică cabană de fermier. Acolo a fondat Aiki Shuren Dojo, cunoscut de asemenea ca și Iwama dojo. În tot acest timp a călătorit mult prin Japonia, în special în regiunea Kansai unde a predat Aikido-ul său. În ciuda interzicerii practicii artelor marțiale după cel de-al doilea război mondial, Uesshiba și elevii săi au continuat să practice în secret la dojo-ul de la Iwama; Hombu dojo din Tokyo era oricum folosit ca loc de adăpost pentru cetățenii afectați de bombardamentele severe.
Interdicția (cel puțin pentru Aikido) a fost ridicată în 1948 la crearea Fundației Aiki, înființată de ministerul japonez al educației, cu permisiunea forțelor de ocupație. Hombu dojo s-a redeschis în anul urmator. După război însă, Ueshiba a delegat cea mai mare parte a conducerii Hombu dojo și a Fundației Aiki fiului său Kisshomaru, alegând să petreacă mult timp în rugăciune, meditație, caligrafie și la fermă. A continuat să călătorească mult pentru a promova Aikido, vizitând chiar și Hawaii în 1961. A apărut de asemeni într-un documentar de televiziune despre Aikido al NTV : Maestrul de Aikido, difuzat în inuarie 1960.
În ultimii săi ani era privit de regulă ca fiind blând și amabil, dar sunt de asemenea povești ale unor corecții terifiante aplicate elevilor săi. De exemplu, i-a dojenit pe studenții săi ca practicau lovituri cu jo-ul pe copaci fara a-I fi invelit în prealabil cu invelișuri protectoare.
În 1969 Ueshiba s-a îmbolnăvit. A condus ultima sa practică în 10 martie iar apoi a fost dus la spital unde a fost diagnosticat cu cancer la ficat. A murit brusc pe 26 aprilie 1969. Două luni mai târziu a murit soția sa Hatsu 植芝 は (Ueshiba Hatsu, născută Itokawa Hatsu, 1881-1969).